在操作三效蒸发器的过程中主要是由相互串联的三组蒸发器、盐分离器、冷凝器以及辅助设备等组成三组蒸发器以串联的形式运行，在运行的过程中其整套蒸发系统主要是采用其连续进料连续出料的生产方式。

在运行该设备时进入一效强制循环结晶蒸发器，其设备会配有循环泵，在进行操作时会将其废水打入蒸发换热室内，在蒸发换热室内，其外接的蒸汽液化就会产生汽化潜热，这样就可以对其废水进行加热。

由于其蒸发换热室内的压力较大，其废水在蒸发换热室中在高于其正常液体沸点压力下加热到过热，其加热后的液体会直接进入结晶蒸发室后，其废水的压力就会下降导致部分废水闪蒸，或沸腾。废水蒸发后的蒸气进入二效强制循环蒸发器作为动力蒸气对二效蒸发器进行加热，未蒸发废水和盐分暂存在结晶蒸发室。

当三效蒸发器中废水的盐分要是大于了饱和状态的时候，汽水中的盐分就会不断的析出，这样就可以直接进入蒸发结晶室的下部的集盐室。吸盐泵不断将含盐的废水送至旋涡盐分离器，在旋涡盐分离器内，固态的盐被分离进入储盐池，分离后的废水进入二效强制循环蒸发器加热，整个过程 周而复始，实现水与盐的分离。

三效蒸发器的冷凝器在进行连接的过程中会有真空系统，会抽掉蒸发系统内产生的未冷凝气体，使冷凝器和蒸发器保持负压状态，提高蒸发系统的蒸发效率。在负压的作用下，三效强制循环蒸发器中的废水产生的二次蒸气自动进入冷凝器， 在循环冷却水的冷却下，废水产生的二次蒸气转变成冷凝水。